Die positive Entwicklung hielt an und Anfang des neuen Millenniums arbeiteten bereits rund 65 Personen bei Proderma.

Bereits im Jahre 2000 konnte man den Aus- und Erweiterungsbau an das bestehende Gebäude «Werk 1» mit weiterer Produktionsfläche und einer Lagerhalle realisieren. Zusätzlich wurden bereits zwei Kammern für das Abpacken von Medizinalprodukten in der Produktionshalle eingebaut.

In der Produktion war auf Zweischichtbetrieb umgestellt worden. Neu konnten Stickpacks, zum Teil im Jumboformat, mit Pulver oder Flüssigkeit befüllt werden. Pius Niederberger und sein Team erkannten, dass die Stickpacks ein zukunftsträchtiges Verpackungsmedium waren. Es wurden weitere Maschinen angeschafft bzw. konnten umgerüstet werden. Im Konfektionierbereich wurden eine Klebeanlage sowie ein Kartonierer angeschafft, welcher noch heute die einzelnen Beutel automatisch in kleine Boxen verpacken kann. 

Und so kam es, wie es kommen musste: die Räumlichkeiten waren wieder zu klein. Es fehlte Platz für Büros, vor allem für die Projektmanager, welche die immer wichtigere Rolle hatten, die Kunden zu betreuen. 2002 konnte die ehemalige Zivilschutzanlage in Schötz erworben werden (15’000 m2 mit einem grösseren Verwaltungsgebäude). Leider erkrankte Pius Niederberger im Verlaufe des Jahres 2002 an einer heimtückischen Krankheit. Er verlor den Kampf gegen den Krebs am 05.04.2003. In dieser schwierigen Zeit stieg Luzia Niederberger vermehrt in den Betrieb ein. Sie übernahm das HR und begleitete auch den Umbau sowie den Einzug in die ehemalige Zivilschutzanlage. Dieses neue «Werk 2» wurde erfolgreich durch Swissmedic GMP-auditiert. 2004 wurde beim «Werk 1» der Bau der neuen Lager- und Konfektionierungshalle «Werk 3» realisiert.