La croissance se poursuivit et au début du nouveau millénaire, environ 65 personnes travaillaient déjà chez Proderma.

En 2000, l'extension du bâtiment existant « usine 1 » avec une zone de production supplémentaire et un entrepôt fut réalisée. De plus, deux salles pour l'emballage des produits médicaux furent installées dans le hall de production.

Pendant ce temps, la production fut réorganisée en deux équipes par jour. L'innovation porta sur les bâtonnets, parfois en format jumbo, pouvant être remplis de poudre ou de liquide. Pius Niederberger et son équipe avaient réalisé que les sticks étaient un moyen d'emballage prometteur. D'autres machines furent achetées ou converties. Dans la zone de confection, une unité d'encollage et une encartonneuse furent acquises, ce qui permet encore aujourd'hui d'emballer automatiquement les sachets individuels dans de petites boîtes.

Arriva ce qui devait arriver : les locaux devinrent de nouveau trop petits. Il n'y avait pas de place pour les bureaux, surtout pour les gestionnaires de projet, qui avaient la tâche toujours plus importante de s'occuper des clients. En 2002, l'ancien bâtiment de protection civile de Schötz fut acquis (15'000 m2 de terrain avec un bâtiment administratif plus grand). Malheureusement, au cours de l'année 2002, Pius Niederberger contracta une maladie insidieuse. Il perdit la lutte contre le cancer le 05.04.2003. Dans cette période difficile, Luzia Niederberger s'impliqua de plus en plus dans l'entreprise. Elle prit en charge les ressources humaines et accompagna également la conversion et le déménagement dans l'ancien bâtiment de protection civile. Cette nouvelle « usine 2 » fut auditée GMP (Good Manufacturing Practice) avec succès par Swissmedic. En 2004, la construction du nouveau hall de stockage et d'assemblage « usine 3 » fut réalisée près de l' « usine 1 ».